A l’époque préhistorique, la partie basse de Blehen était un terrain marécageux. On y retrouve aujourd'hui encore un des débuts du Geer sous forme d’un ruisseau intermittent. Le village deviendra franc après avoir été romain. Témoin de cette époque une villa gallo-romaine qui a été découverte entre Blehen et Poucet en 1968. Aux époques mérovingienne et carolingienne, Blehen aurait fait partie d’un grand domaine royal ("fiscus") englobant les localités actuelles de Lens-St-Remy, Abolens et Lens-St-Servais. Le village dépendait du comté d’Avernas jusqu’au moment où il a été intégré dans la principauté de Liège par le biais du chapitre de Saint-Pierre. 

Par sa situation d’enclave liégeoise en Brabant, Blehen souffre des guerres entre princes voisins. A ceci s'ajoutaient les épidémies comme dans les années 1500 à 1600 où peste et lèpre ont sérieusement réduit la population. 

C’est en 1822, durant la période hollandaise, que Blehen est officiellement réuni avec Lens-St-­Remy. Le 20 juin 1896, Blehen accède à son indépendance communale, mais moins de 75 ans plus tard, le village est englobé dans l’entité de Hannut, en 1970.

Le village de Blehen, un des plus petits des 17 villages hannutois, n’est est certes pas le moins dynamique. C’est un village paisible, verdoyant, qui a su réunir ses habitants au sein d’une vie associative riche. Le quartier historique du bas avec ses châteaux, ses anciennes fermes et son église d'une part, et d’autre part, le quartier du haut avec ses maisons ouvrières se réunissent dans la rue du Centre et dans la rue de La Concorde. La première maison publique du village porte d’ailleurs ce dernier nom bien symbolique d'une constante recherche de bonne entente. Depuis les années 2000, une seconde maison publique abrite la seule brasserie didactique de Wallonie, qui produit une bière dense distribuée largement. 

Blehen abrite de nombreux et diversifiés comités locaux, qui permettent à chaque habitant de trouver sa place dans le paysage associatif républicain. Par ses contacts avec les pays voisins, pour une bonne part grâce à la Confrérie Saint-Antoine, par la nature même de sa population, on peut dire que la République Libre de Blehen a depuis des années l’esprit européen.

L'église actuelle est la troisième église connue, elle succède à celles de 1333 et 1775. Construite en briques et en calcaire, elle est de style néo-gothique Les travaux ont débuté en 1869 pour se terminer en 1870. Les plans sont de l'architecte hutois Blandot. 

Autrefois dédiée à Saint-Antoine, elle l'est de nos jours à Saint-Pierre et à Saint-Paul. 

Pour ce qui concerne la décoration intérieure,  Charles Meunier a peint des toiles marouflées vers 1900 (4 dans le choeur, 3 dans l’abside, 2 au fond des bas-côtés et 2 au jubé). La décoration murale fut assurée par Paul Cambron, de Lens. Les 15 vitraux (dont la plupart ont été offerts par les familles aisées du village) ont notamment pour sujet les 7 sacrements et la Vierge à l’Enfant donnant le rosaire à Saint-Dominique. L’autel central, avec retable à hauts reliefs, a été offert par le comte et la comtesse Cornet.